Nawrócenie świętego Franciszka na drogę wiary pełnej prostoty i ubóstwa przebiegało w kilku etapach.

Pierwszy etap nawrócenia nastąpił podczas wyprawy wojennej w Apullo. Wtedy to św. Franciszek spotkał biednego rycerza w łachmanach i oddał mu swój płaszcz. Jest to wyraz zbliżenia się do całkowitego ubóstwa.

Drugi etap - to spotkanie z trędowatym. Pisze o tym sam święty w swoim Testamencie: "Mnie, bratu Franciszkowi, Pan dał tak rozpocząć życie pokuty i gdy byłem w grzechach, widok trędowatych wydawał mi się nie do zniesienia. I Pan sam wprowadził mnie między nich i okazywałem im miłosierdzie. I kiedy odchodziłem od nich, to co wydawało mi się gorzkie, zmieniło się w słodycz duszy i ciała i potem nie czekając długo porzuciłem świat".

Ucałowanie trędowatego wprowadza do życia motyw pokonania wstrętu, miłosierdzia dla cierpiących, służby najbardziej nieszczęśliwym i nadludzkim.

W trzecim etapie święty Franciszek słyszy głos Boga: "Franciszku, pójdź i napraw mój dom, który jak widzisz rozpada się w gruzy". I Franciszek, który nie przywykł jeszcze do rozumienia symbolicznych słów Bożych rozumie je dosłownie. Bierze kielnię, wchodzi na rusztowanie kościoła w San Damiano i zostaje murarzem. Nowy wątek wkracza w jego życie - praca własnych rąk.

Kiedy kościół w San Damiano jest już naprawiony, Franciszek pracuje przy San Pietr i w Porcjunkuli, w kapliczce zagubionej w lasach Porcjunkula, która jest najukochańszym miejscem św. Franciszka. Tam spełnia się czwarty etap jego nawrócenia. Bóg znowu przemawia do świętego Franciszka. Tym razem poprzez kapłana, który w czasie mszy podczas uroczystości św. Macieja czyta fragment Ewangelii o rozesłaniu przez Pana Jezusa Dwunastu Apostołów. Franciszkowi wydaje się, że słyszy ją po raz pierwszy. Jest to rozdział 10 Ewangelii wg św. Mateusza:

"Idźcie i głoście: Bliskie jest Królestwo niebieskie(...) Darmo otrzymaliście, darmo dawajcie! Nie zdobywajcie złota, ani srebra ani miedzi do swych trzosów. Nie bierzecie na drogę torby, ani dwóch sukien, ani sandałów, ani laski. Wart jest bowiem robotnik swej strawy. A gdy przyjdziecie do jakiegoś miasta albo wsi, wywiedzcie się, kto tam jest godny i u niego zatrzymajcie się, dopóki nie wyjdziecie. Wchodząc do domu przywitajcie go pozdrowieniem. Jeśli dom na to zasługuje, niech zstąpi na niego pokój wasz, jeśli zaś nie zasługuje, niech pokój wasz powróci do was."

I wtedy Franciszek woła: "Oto czego chcę, czego szukam i pragnę czynić w głębi serca". Przepełniony radością, zdejmuje obuwie, odrzuca kij i pozostaje w samej sukni, którą przewiązuje sznurem na kształt pasa. Pokłada starań, by suknia swoją szorstkością raniła jego grzeszne ciało, a swą brzydotą i ubóstwem nie budziła niczyjej zawiści.

W tym dniu Franciszek ma 26 lat. Od tej pory zostaje misjonarzem i od razu zaczynają się do niego garnąć uczniowie. W roku 1208 ma już Franciszek dwunastu uczniów. Wszyscy obierają sobie za cel naśladowanie Pana Jezusa w Jego życiu ubogim i głoszeniu Ewangelii.